Após salvar a vida do herdeiro de Arashikage, Storm Shadow, Snake Eyes é aceito nesse antigo clã japonês se junta à batalha contra o grupo terrorista Cobra. Desafiando os limites, Snake Eyes será o melhor dos guerreiros ninjas. Porém, são revelados segredos do passado, testando sua honra e lealdade – mesmo que isso signifique perder tudo pelo que lutou.
